Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, trong công tác quản lý đất đai, năm 2002 Khu Liên hợp thể thao quốc gia đã bàn giao 94.417,5m2 (đất công – ký hiệu P1, P2) cho công ty Khai thác điểm đỗ xe. Công ty này đã khai thác sử dụng bãi đỗ xe P1, P2 từ 2003 đến nay nhưng chưa có quyết định của cơ quan có thẩm quyền về việc giao đất cho công ty, đồng thời chưa phát sinh nghĩa vụ tài chính về đất đối với Nhà nước.
KHÔNG CÓ KHẢ NĂNG NỘP 658 TỶ ĐỒNG VI PHẠM
Về lĩnh vực sử dụng đất, Khu Liên hợp thể thao quốc gia đang thực hiện 05 dự án liên doanh, liên kết, hợp tác kinh doanh với tổng diện tích đất sử dụng để thực hiện các dự án là 16.835 m2. Theo quy định của pháp luật, đất Khu Liên hợp thể thao quốc gia sử dụng để thực hiện liên doanh, liên kết (từ cuối năm 2011) thuộc đối tượng phải nộp tiền thuê đất. Tuy nhiên, dự án này rất chậm trong việc nộp tiền thuê đất cho cơ quan thuế, dẫn đến tổng số tiền thuê đất còn phải nộp và số tiền chậm nộp đến hết ngày 31/12/2018 là 46.383,022 triệu đồng;
Bên cạnh đó, quá trình Khu Liên hợp thể thao quốc gia cho thuê mặt bằng các khu đất đã giải phóng mặt bằng đang chờ thực hiện dự án có một số vi phạm, sai phạm có dấu hiệu bất thường. Tổng số tiền thuê đất mà Khu Liên hợp thể thao quốc gia phải nộp ngân sách nhà nước nhưng chưa nộp (tạm tính) khoảng 658.321,552 triệu đồng. Số tiền này, theo kết luận của Thanh tra: Khu Liên hợp thể thao quốc gia không có khả năng nộp, có dấu hiệu gây thất thu ngân sách Nhà nước.
Trong việc khai thác cơ sở vật chất, tất cả các hợp đồng cho thuê tài sản Khu Liên hợp này không xác định giá khởi điểm cho thuê theo cơ chế thị trường, không thực hiện theo phương thức đấu giá, không đúng quy định tại Điều 25 Thông tư số 245/2009/TT-BTC, Điều 14 Thông tư số 23/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính, Điều 43 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP, Điều 46 Nghị định số 151/2017/NĐ-CP của Chính phủ.